Berdasarkan Pasal 7 UU No. 22 Tahun 1999, kewenangan daerah menckup kewenangan dalam seluruh bidang pemerintahan, kecuali 5 bidang kewenangan yng dikecualikan, yaitu dalam politik luar negeri, pertahanan-keamanan, peradilan, moneter dan fiskal, dan urusan agama. Selanjtnya dalam Pasal 18 ayat (8)
Perubahan Kedua UUD 1945, kewenangan yang dikecualikan itu dirinci menjadi 6 bidang, yaitu :
1. Politik luar negeri
2. Pertahanan
3. Keamanan
4. Peradilan
5. Moneter dan fikal
6. Agama
1. Politik luar negeri
2. Pertahanan
3. Keamanan
4. Peradilan
5. Moneter dan fikal
6. Agama
Pemisahan antara pertahanan dan keamanan itu didasarkan pada pemisahan organisasi ABRI menjadi TNI dan Polri berdasarkan Ketentuan TAP MPR No. VI/MPR/2000 ditegaskan bahwa TNI menjalankan fungsi pertahanan sedangkan Polri menjalankan fungsi keamanan.
Segala kewenangan pemerintahan yang diserahkan kepada daerah dalam rangka desentralisasi ditentukan harus disertai dengan penyerahan dan pengalihan pembiayaan, sarana dan prasarana, serta sumber daya manusia sesuai dengan kewenangan yang diserahkan tersebut. Kewenangan yang dilimpahkan kepada gubernur dalam rangka dekonsentrasi harus disertai pula dengan pembiayaan sesuai dengan kewenangan yang dilimpahkan.
Dengan demikian, pelaksanaan otonomi daerah tidak hanya mengalihkan beban dan tanggung jawab ke daerah tetapi juga mengalihkan berbagai kewenangan dan hak-hak yang dikuasai oleh pusat kepada daerah. Bahkan, untuk mengelola agenda otonomi tersebut, pemerintah daerah dan masyarakat daerah diberdayakan dengan dukungan fasilitas dan dana yang diperlukan untuk menunjang pelaksanaan kebijakan otonomi daerah tersebut sebagaimana mestinya.
Dalam rangka kewenangan propinsi, dapat dikemukakan bahwa kewenangan sebagai daerah otonom mencakup kewenangan dalam bidang pemerintahan yang bersifat lintas kabupaten dan kota, serta kewenangan dalam bidang pemerintahan tertentu lainnya. kewenangan provinsi sebagai dalam daerah otonom termasuk juga kewenangan yang tidak atau belum dapat dilaksanakan Daerah Kabupaten dan Daerah Kota.
Kewenangan provinsi sebagai wilayah administratif mencakup kewenangan dalam bidang pemerintahan yang dilimpahkan kepada Gubernur selaku wakil pemerintah pusat. Sedangkan selain dari itu, maka dapat dikatakan bahwa kewenangan pemerintahan dan kewenangan dalam pelaksanaan tugas-tugas pembangunan seluruhnya berada di tangan kabupaten dan kota.
Daerah ditentukan mengelola sumber daya nasional yang tersedia di wilayahnya dan bertanggung jawab memelihara kelestarian lingkungan sesuai dengan peraturan-peraturan perundang-undangan. Kewenangan daerah di wilayah laut meliputi :
a. Eksplorasi, eksploitasi, konservasi, dan pengelolaan kekayaan laut sebatas wilayah laut tersebut.
b. Pengaturan kepentingan administratif
c. Pengaturan tata ruang
d. Penegakkan peraturan yang dikeluarkan oleh daerah atau yang dilimpahkan kewenangannya oleh Pemerintah Pusat
e. Bantuan penegakkan keamanan dan kedaulatan negara
Kewenangan daerah kabupaten dan daerah kota di wilayah laut , ditentukan pada Pasal 10 ayat (3) UU No. 22 tahun 1999, sejauh sepertiga dari batas laut daerah provinsi. Sedangkan wilayah dua pertiga sisanya menjadi wilayah kewenangan atau wilayah koordinasi Pemerintah Pusat. Di samping itu, adapula bidang-bidang yang terinci yang ditentukan wajib dilaksanakan oleh Daerah Kabupaten dan Daerah Kota, yaitu meliputi kewenangan di bidang-bidang :
a. Pekerjaan umum
b. Kesehatan
c. Pendidikan dan Kebudayaan
d. Pertanian
e. Perhubungan
f. Industri dan Perdagangan
g. Penanaman Modal
h. Lingkungan Hidup
i. Pertanahan
j. Koperasi
k. Tenaga kerja
Dengan diaturnya pembagian kewenangan antara pemerintah pusat, pemerintah provinsi dan pemerintah kebupaten dan kota seperti tersebut di atas, maka tidak perlu lagi ada persoalan mengenai apakah otonomi akan di berikan di tingkat propinsi ataupun di tingkat kabupaten. Karena baik proinsi maupun kabupaten dan kota sama-sama merupakan daerah otonom.
